Původně vznikly baziliky dvě, větší stávala na jihu, zatímco ta menší byla založena na severní straně a měla baptisterium orientované na jihovýchod a velké atrium na západní stranu.
Základy byly položeny na velké žulové skále, která se vynořovala z moře. Proto také mají ty nejnižší části zdí skalní povrch. Zdi byly postaveny z kamene a z vápenné malty. Mozaikové podlahy byly přestavěny a tak ochráněny před povětrnostními vlivy.
Malý hřbitov baziliky
Malá bazilika z Kefalosu se nachází kousek na západ od St. Stefanosu. Je tu jediná loď s úložným prostorem a s přístavbami na severu i na jihu a také s velkou zahradou na západě. V jedné z bočních částí kostela byl objeven hrob. Jisté studie naznačují, že ona přístavba byla postavena na ochranu kostí svatých.
Bazilika v Kamari
Bazilika v Kamari má tři strany, velký oblouk na východě a rozšířený oblouk na severní straně. Na podlahách je mozaiková výzdoba uspořádaná do geometrických tvarů, kruhů a rozličných kruhových vzorů.
Za zmínku stojí, že ryby a delfíni jsou ozdobeni dvojitými kotvami, které se jinak objevují velice zřídka. Dalším zajímavým nálezem byl rytý monogram, nalezený na kameni u jihovýchodního rohu hlavního kostela. Je to koule s křížem, z nichž jsou vytvořena písmena alfa a omega.
Pevnost Kefalos
Pevnost, kterou objevíte jihovýchodně od hory Zini, byla považována za bezpečnou tvrz v 15. století. Podle dokumentů nalezených v archivech rytířů Řádu Johanitů vypálilo osmanské loďstvo roku 1457 hrad Neratzia ve městě Kos a rytíři vyzvali obyvatelstvo, aby se uchýlilo do pevností ve Starém Pyli, v Kefalosu a v Antimachii.
Kastelli Kefalou
Je to malá pevnost v jihozápadní části ostrova, odkud mohli její obyvatelé sledovat, co se děje mezi ostrovem Nisyros a Kefalosem. Ve 13. století byla pevnost posílena a v 15. století pak ještě lépe vyzbrojena rytíři Řádu Svatého Jana.